主に自分の備忘録です。

Python

PsychoPy

• Psychopyの導入
• PsychoPy Builder で作る心理学実験 リリース 5.1
• Psychopyの導入：Anacondaを使ったインストール
• conda仮想環境のPsychopyとStandalone Psychopyとは共存できないかも。
• Windowsでは後からパッケージが追加できるみたいなので、Anacondaを使うメリットは考えた方がいいでしょう。
• 【Coder】PsychoPyでじゃんけんプログラム
• 【Builder】PsychoPyでじゃんけんプログラム
• 【Coder】PsychoPyでガウシアンブロッブを徐々に出現させる
• 【Coder】PsychoPyで複数の物体をまとめて操作する
• 【Builder】PsychoPyで複数の物体を個別にまとめて操作する
• PsychoJSでオンライン実験（Pavlovia）【工事中】：最新版のPsychopy Builderを使うべし。Standaloneを使うのが吉？
（2024/6/12: PsychoJSがjsPsychになっていたので修正。後者もそのうち試します。）

疑似ランダム系列を作る
TkinterでGUI：ちなみにPsychopyとtkinterは競合する可能性がある。Kivyなどで代替するといいかも。

Javascript関連

Node.jsのmacOSへのインストール備忘録

Javascriptの開発のために、Node jsのインストールを試みました。

Matlab

macOSで日本語化できない！：パッチをDLして当てる必要がある場合がある。

SPM (Statistical Parametric Mapping)

• SPMのマニュアル（SPM12）
• SPM -Wikibooks
• Anatomytoolboxの使い方
• BatchスクリプトによるfMRI画像のPreprocessing＜準備中＞

R

WebR - R in the Browser: WebR REPL

• Webブラウザ上で動くR「WebR」の公式サイト

作図

• 作図領域を区切る
• 箱ひげ図を描く
• 蜂群図（ビースウォーム）の作成
• 使える色名、カラーコードの取得　「Rの色見本」／「色名に関する関数」（RjpWiki）
• ggsciの色コードを取得する

ggplot2

• ggplot2のTips　その①：stat_boxplot()とgeom_boxplot()
• ggplot2のTips　その②：軸や目盛りの調整
• ggplot2をGUIで操作する
• ggpatternでグラフ要素にテクスチャをつける
• Rのggplotで雨雲（rain cloud）プロット

I/O

• Rで.matファイルを読み書きする
• ファイル操作 -> ファイルを検索する

Rで非線形回帰分析＆ggplot2で描画：対数近似の例

• Part 1：データの整形（tidyr::gathar()）
• Part 2：非線形回帰分析（nls()＆glm()で対数近似・パラメータ推定）
• Part 3：ggplot2で描画（複数のデータセットを重ね描き）
  • まずは平均値と95%信頼区間をstat_smooth()でプロット
  • 被験者ごとに近似曲線を描く
  • 異なるデータセットでグラフを重ね描きする
  • 各近似曲線の外観を調整する

ベイズ統計

• StanをRstanで使う：macでRstanをインストールするのに苦労しました。
brmsを使う【工事中】：単純なモデルならこれでもいいかも。注意点あり。

頻度主義統計（古典的統計学）

• デモデータ
• ChickWeight.csv Rのデモデータ・ChickWeightの各個体の平均値を格納
• howell2002.csv
こちらのサイトからお借りしました。subject列が第1列になっています。
• TwoAnovaMix.csv
こちらのサイトからお借りしました。score列に従属変数をまとめています。
• TwoAnovaMix_within.csv
上の"TwoAnovaMix.csv"について、ID列の要素を1〜10に変更しました。対応のある2要因分散分析のデモに。
• ch09correl.csv
こちらのサイトからお借りしました。列名がJapaneseとEnglishに変えられています。相関分析のデモに。
• familyrestaurants.csv
こちらの書籍の12章からお借りしました。列名が英語に変えられています。重回帰分析のデモに。
• ch10reg.csv
こちらのサイトからお借りしました。列名が英語に変えられています。重回帰分析のデモに。
• selfesteem.csv
こちらの書籍（初版）からお借りしました。因子分析のデモに。
• oshio2007factor.csv
こちらの書籍（初版）からお借りしました。因子分析のデモに。

ベイズ統計

• JASPでベイズ推定（外部サイト）

データロガー・マイコン（I/O）の制御

USB-1208FSを使ったロギング

• InstaCalのインストール
• USB-1208FSの制御（C#）

Arduino

• C#でArduinoと通信

Cedrus レスポンスパッドRBシリーズの利用

• Cedrusレスポンスパッド RB-740

Visual C#

• C#でフォームアプリケーション

Googleフォーム・スプレッドシート、GAS

• Googleフォームで集計した値をスプレッドシートで計算する
• Gmailで連絡先を一気に読み込む：csvファイルから連絡先一覧を読み込むには、列名を規定のものにする必要がある。

脳画像処理関連ソフト

• MRIcroGLの使い方<準備中>
• MNI,Talairach,Brodmann変換（「Yale MNI <-> TAL from "Yale BioImage Suite Package"」、「真・MNI-TALAIRACH の変換」、「mni2tal」）
• Talairach Client - Version 2.4.3（Talairachアトラス、BAの同定）
• MRIconvertの使い方（根本先生のページ。DICOM画像のヘッダー情報確認など）

その他便利なアプリケーション

• WebPlotDigitizer：グラフの画像から数値データを推定するウェブアプリ。
  ブラウザで画像化されたグラフからデータを抽出できるツールWebPlotDigitizerを使ってみる